Wenn man sein Joomla 1.5 Frontend-Template nicht auf Mootools, sondern anderen Javascript-Frameworks wie zum Beispiel jQuery aufbauen will, scheitert man meistens daran, dass das Javascript-Framework Mootools von Joomla selbst schon integriert wird, indem man einfach nur <jdoc:include type=”head”> in sein Template schreibt. Dies soll natürlich nicht verboten werden, aber man kann die Header-Datas leicht modifizieren, um zum Beispiel eigenes Javascript in den Head-Bereich des HTML-Dokuments einzubinden.

Öffnet dazu die Datei “index.php” des jeweiligen Joomla-Templates und sucht ganz weit oben nach der Zeile <jdoc include type=”head”> und setzt folgenden Code darüber:

$user =& JFactory::getUser();
if ($user->get('guest') == 1) { // Nur durchführen, wenn nicht eingeloggt
    $headerstuff = $this->getHeadData(); //aktuelle Daten laden
    $headerstuff['scripts'] = array(); // Javascripts komplett entfernen
    $this->setHeadData($headerstuff); // geänderte Daten speichern
}

Nun wird überhaupt kein Javascript mitgeladen und die Performance steigt. Allerdings wird das Mootools-Script wohl für einige Administrator-Funktionen benötigt, deshalb die Abfrage, ob man im Joomla-Frontend “Guest” ist.
Gleichzeitig kann man beliebige andere Header-Tags einbinden, wie zum Beispiel ein das Javascript-Framework jQuery:

$headerstuff['scripts'] = array('/media/system/js/jquery.js', 'text/javascript';

Oder etwas eleganter, als direkt im Array rumzufummeln:

$document = &JFactory::getDocument(); // liefert das globale Dokument
$document->addScript(JPATH_SITE.'/media/system/js/jquery.js'); // fügt die Script-Deklaration hinzu
$document->addScriptDeclaration ('jQuery.noConflict();'); // führt diesen Code als Javascript aus.

Ich würde empfehlen immer die komprimierte Version der Javascript-Frameworks zu verwenden, damit eure Joomla Website noch schneller lädt.
Quelle: http://www.blog.highub.com/cms/remove-mootools-from-joomla-header

Update
Es gibt noch eine Möglichkeit, das Frontend-Mootools durch jQuery zu ersetzen, und dabei sogar die Javascript-Funktionen für eingeloggte Administratoren beizubehalten: Joomla Behaviour.

Im Ordner libraries->joomla->html->html befindet sich die Datei behavior.php. Öffnet diese mit einem Editor und sucht die Funktion “mootools($debug = null)”. Direkt nach dieser Funktion erstellt ihr eine Funktion mit Namen “jQuery($debug=null)” und schreibt folgenden Code rein:

function jQuery($debug = null)
        {
            static $loaded;

            global $mainframe;
            // Only load once
            if ($loaded) {
                return;
            }

            // If no debugging value is set, use the configuration setting
            if ($debug === null) {
                $config = &JFactory::getConfig();
                $debug = $config->getValue(‘config.debug’);
            }

            $konkcheck = strpos (strtolower($_SERVER['HTTP_USER_AGENT']), “konqueror”);

            if ($debug || $konkcheck) {
                JHTML::script(‘jquery.js’, ‘media/system/js/’, false);
            } else {
                if($mainframe->isSite()) {

                    JHTML::script(‘jquery.min.js’, ‘media/system/js/’, false);
                }
                else
                {
                    JHTML::script(‘mootools.js’, ‘media/system/js/’, false);
                }
            }
            $loaded = true;
            return;
        }

jquery.min.js ist die gepackte Variante von jQuery und muss sich zusammen mit der unkomprimierten Version jquery.js im Ordner media->system->js befinden. jquery.js wird für den Konqueror-Browser benötigt, da dieser wohl Probleme mit dem gepackten jQuery-Javascript in Joomla 1.5 hat.

Um nun jQuery automatisch im Joomla-Code zu verwenden, schreibe dazu einfach nur folgende Zeile in die PHP-Datei:

JHTML::_(‘behavior.jQuery’)

Cool, oder?